El coronavirus SARS-CoV-2, tal i com passa a la resta dels virus, evoluciona adquirint canvis en el seu genoma a través de mutacions. En l’actualitat, preocupa especialment alguns canvis com el que s’ha denominat de forma comuna ‘la variant britànica’, o les variants de Sudàfrica i Brasil, però sabem l’adaptació evolutiva i la diversificació de SARS-CoV-2 s’ha anat observant a nivell global al llarg de tota la pandèmia. La majoria de les variants genètiques que sorgeixen no proporcionen un avantatge selectiu al virus, ni tampoc canvis fenotípics que impliquin alteracions en el comportament o patró d’infecció. No obstant això, sí que hi ha algunes mutacions o combinacions de mutacions que poden proporcionar al virus un avantatge selectiu, com una major transmissibilitat a través d’un augment en la unió del receptor. En aquest marc, s’ha impulsat el Hub de Seqüenciació del Campus Can Ruti, coordinat pel Servei de Microbiologia del Laboratori Clínic de la Metropolitana Nord, l’Institut de Recerca Germans Trias i Pujol (IGTP) i l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa. El seu objectiu és seqüenciar de forma completa 200 genomes independents de SARS-CoV-2 cada setmana. Les mostres d’aquests genomes, provinents de l’àrea Metropolitana Nord i Girona es seleccionaran de forma aleatòria d’entre les mostres positives representant un 80% de mostres de Primària i un 20% de mostres de l’àmbit hospitalari. A més, també es farà una recerca selectiva de la variant britànica i es donarà suport de l’estudi de brots en col·laboració amb la comissió d’infeccions nosocomials i el Servei de Vigilància per ajudar a identificar les mostres a analitzar. En aquest sentit, la setmana passada ja es va detectar una positivitat de la variant britànica a la metropolitana nord d’un 7,7%, tot i que les anàlisis preliminars preveuen un ascens a les xifres d’aquesta setmana. Un cop seleccionades, la preparació, seqüenciació i anàlisis es fa íntegrament al Campus Can Ruti: es preparen al Servei de Microbiologia i a Irsicaxa, per fer-ne la seqüenciació a la Plataforma de Genòmica Translacional de l’IGTP i que el grup de Genòmica Microbiana d’IrsiCaixa i el Servei de Microbiologia n’analitzi els resultats. Un esforç conjunt fruit del coneixement i expertesa de les institucions del Campus. El seguiment de les variants és clau per la gestió de la salut pública de primer ordre i sobre el control de la pandèmia. Això és degut a que l’aparició de variants poden augmentar la transmissibilitat del virus, la seva virulència o que puguin escapar a l’acció dels anticossos neutralitzants generats després de la infecció natural o la vacunació. És per això que aquesta vigilància epidemiològica de les variants del virus que existeixen en el nostre entorn es farà seguint els mateixos estàndards recomanats per l’OMS.
El 19 de gener la Comissió Europea va publicar un comunicat instant els països a incrementar la taxa de seqüenciació, ja que consideren que l’actual no és suficient per identificar la progressió de les variants o detectar-ne de noves. Plantegen que els estats membres han d’assolir la capacitat de seqüenciar al menys el 5%, i preferiblement el 10%, dels resultats positius de les proves de COVID-19, minimitzar els retards en els resultats i garantir que aquestes dades es comparteixen de forma comparable. Ja des del començament de la pandèmia, el Servei de Microbiologia del LCMN ha analitzat més de 700.000 mostres de SARS-CoV-2. De la mateixa manera, IrsiCaixa i l’IGTP han implementat al Campus la tecnologia genòmica per a la seqüenciació completa del SARS-CoV-2. Conjuntament, el Hub disposa de la capacitat de seqüenciació tant per conèixer les variants circulants com per l’estudi de brots de casos concrets (Fig. 1)
Fins a la data, s’han seqüenciat de forma complerta 312 virus SARS-CoV (Fig. 1) i s’han analitzat un total d’onze brots de COVID-19 concrets. Després de la recomanació de la Comissió Europea i d’acord amb l’encàrrec del Departament de Salut , el Hub de Seqüenciació del Campus Can Ruti ha incrementat els seus esforços per tal d’assolir tres objectius principals. Per una banda, conèixer les variants dels SARS-CoV-2 circulants a l’àrea d’influència així com la seva evolució de forma prospectiva; d’altra banda, fer una anàlisi selectiva de la presència de variants específiques del SARS-CoV-2, com la soca britànica; i, finalment, donar suport a l’anàlisi de brots importants de COVID-19.
Complerta no, completa